Fons Administració local 

• CAT AMCE 01  Ajuntament de Castelló d’Empúries  

Fons Administració senyorial i reial

• CAT AMCE 02 Batllia de Castelló d’Empúries
• CAT AMCE 03 Batllia de Pau
• CAT AMCE 04 Batllia de Siurana d’Empordà
• CAT AMCE 05 Arxiu Ducal de Medinaceli. Casa Sogorb - Cardona.
  Secció Empúries. Comtat d’Empúries

Fons judicials

• CAT AMCE 06 Jutjat de Pau de Castelló d’Empúries
• CAT AMCE 07 Jutjat Comarcal de Castelló d’Empúries
• CAT AMCE 08 Tribunal de la Subdelegació de Marina

Fons notarials

• CAT AMCE  09 Escriptures notarials soltes    

Fons religiosos

• CAT AMCE  10 Comunitat de Preveres de Santa Maria
• CAT AMCE  11 Comunitat de clarisses de Castelló d’Empúries

Fons associacions i fundacions

• CAT AMCE 12 Sindicat d’obrers agrícoles i demes oficis   
• CAT AMCE 13 Societat recreativa Aires Nous    
• CAT AMCE 14 Prefectura local de FET y de las JONS       
• CAT AMCE 15 Societat de Bombes d’incendis
• CAT AMCE 16 Societat recreativa Casino Menestral  
• CAT AMCE 17 Grup Sindical de Colonització de Sanejament dels recs Sirvent i del Molí
• CAT AMCE 18 Comunitat de regants    
• CAT AMCE 19 Societat d’assegurances mútues del bestiar   
• CAT AMCE 20 Associació de veïns Tramuntana    

Fons Patrimonials i familiars

• CAT AMCE 21 Família Bosch Aymerich
• CAT AMCE 22 Família Vera
• CAT AMCE 23 Família Garrigoles
• CAT AMCE 24 Família Puig Secret      
• CAT AMCE 25 Família Castanyé

Fons d’Institucions

• CAT AMCE 26  Patronat d’Homenatge a la Vellesa  
• CAT AMCE 27 Fundació Hospital Asil Toribi Duran 
• CAT AMCE 28 Cambra Agrària Local

Fons Personals

• CAT AMCE 29  Josep Fayet
• CAT AMCE 30  Antoni Pujol Verges
• CAT AMCE 31 Pasqual Rivas
    

Fons comercials i d’empreses

• CAT AMCE 32 Fusteria  Sebastià Mundet
• CAT AMCE 33 Fonda Ca l’Avi 
• CAT AMCE 34 Societat Inversions Muga S.A. 
• CAT AMCE 35 Fleca Joan Janer Batlle
• CAT AMCE 36 Punt Diari  

Col·leccions

• CAT AMCE 37 Col·lecció Esteve Ripoll
• CAT AMCE 38 Col·lecció Constantí Turró
• CAT AMCE 39 Col·lecció Jaume Palau
• CAT AMCE 40 Col·lecció treballs de recerca inèdits
• CAT AMCE 41 Col·lecció cartells i programes