El patrimoni museístic del municipi el conformen actualment els següents tres museus, l’objectiu dels quals és vetllar per la conservació dels béns mobles que formen part del patrimoni cultural històric de Castelló d’Empúries:
– Museu d’Història Medieval de la Cúria-Presó, s. XIV, situat a l’antic complex jurídico-penal de la Cúria i la Presó medievals, lloc de justícia comtal i de reclusió de presoners.
– Ecomuseu-Farinera, ubicat a l’antic casal moliner construït al Rec del Molí al segle XIV.
– Tresor de la Basílica, situat a la sagristia de la Basílica menor de Santa Maria.
